ブランドアルトマンプロット（Bland-Atman plot）をRで作成！！ - 人工知能・リハビリ・日記・理学療法

どうも、お久しです。

前回は、RコマンダーでBland-Altman analysisを行いました。

これは、Rコマンダーなので基本的にクリックだけで統計解析できます。

takuma-ai.hatenablog.com

たまに、Rコマンダーのエラーが出てしまうということでしたので、Rでブランドアルトマンプロット（Bland Altman plot）のコード作成しました。基本的にコピペで使えます。

まずは、パッケージのインストールから！！

install.packages("BlandAltmanLeh")
library(BlandAltmanLeh)

データは適当です。Aのところ、Bのところに、あなたのデータを入力してください！！朱色のところです。

df <- data.frame(A=c(2,5,6,5,5,4,5,5,5,5,5,5,45,4,5,6,5,4,5,5),
B=c(5,6,6,8,9,7,5,6,54,5,2,3,2,1,5,6,8,6,6,5))

おまじないです。（すみません）

df$avg <- rowMeans(df)
df$diff <- df$A - df$B
mean_diff <- mean(df$diff)
mean_diff

95％信頼区間の上限と下限

lower <- mean_diff - 1.96*sd(df$diff)
lower

upper <- mean_diff + 1.96*sd(df$diff)
upper

ggplotですね。

library(ggplot2)

あとはプロットですね！！

ggplot(df, aes(x = avg, y = diff)) +
geom_point(size=2) +
geom_hline(yintercept = mean_diff) +
geom_hline(yintercept = lower, color = "blue", linetype="dashed") +
geom_hline(yintercept = upper, color = "blue", linetype="dashed") +
ggtitle("Bland-Altman Plot") +
ylab("Difference Between Measurements") +
xlab("Average Measurement")

適当なデータなので、偏りましたｗ